Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Doggett se rend à Squamash, en Pennsylvanie, afin d'enquêter sur un rapport déclarant que Mulder a été aperçu dans la demeure de Paul et Marie Hangemuhl. Quelques mois plus tôt, Mulder avait interrogé Marie dans le cadre d'une affaire. Dans la maison des Hangemuhl, Doggett découvre trois impacts de balles replâtrés dans les murs. Curieuse coïncidence : il trouve un revolver dans lequel il manque trois balles dans l'appartement de Mulder.