Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Au FBI, Doggett présente Duffy Haskell à Scully. L'homme prétend que sa femme, Kath, victime de nombreux enlèvements par les extraterrestres, a été assassinée par les médecins après avoir donné naissance à leur enfant, probablement d'origine extraterrestre. Il semblerait que Kath ait vécu la même histoire que Scully : elle a également contracté un cancer, puis a été guérie...