Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'agent John Dogett est relevé des se fonctions au sein du service des affaires non-classées, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition. Cette découverte pousse Dogett à exhumer le corps de Mulder. Krycek réapparaît alors soudain, et propose à Skinner de lui fournir le vaccin pour sauver la vie de Fox...
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