Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus tandis qu'il crie qu'il doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...