Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
A la Nouvelle Orléans, Jeb Dukes est témoin d'un accident de voiture à la sortie de son travail. Suite à la collision, un des véhicules explose. Un homme en flamme en descend très calmement et se dirige vers Jeb, puis, une fois à sa hauteur, disparaît, comme absorbé par le corps de Jeb. Mais quelques heures plus tard, Jeb se rend armé d'un revolver dans le bâtiment où il travaille, tire sur son supérieur, Gary Garber et sur la responsable des ressources humaines, Roberta Toews...