Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
La mère de Scully souhaite engager une nurse avant l'arrivée du bébé. Mais celle qu'elle a choisie a un comportement bien étrange. Pendant ce temps, Billy Miles, l'adolescent qui avait été enlevé à la même période que Mulder, s'attaque à un laboratoire spécialisé en recherche génétique. Mulder et Doggett tentent de l'arrêter mais Billy est doté d'une force surhumaine...