Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Dans la région désertique de Juab County, dans l'Utah, un auto-stoppeur, Hank Gulatarski, monte à bord d'un bus. Mais peu de temps après, le bus s'arrête et tous les passagers en descendent. Alors qu'il les suit, marchant dans le désert, Hank assiste à une scène d'horreur : sans raison particulière, plusieurs passagers du bus s'en prennent alors à un jeune handicapé et le battent à mort. Quelques temps plus tard, Scully est appelée pour effectuer l'autopsie du jeune homme. Mais une fois sur place, elle se trouve piégée dans le désert...