Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Martin Wells se réveille en prison, avec quelques blessures fraîchement suturées sur son visage. Un gardien entre dans sa cellule et le conduit dans un corridor, où il est bientôt entouré par d'autres officiers de la sécurité. Martin, complètement désorienté, reconnaît John Doggett et le supplie de lui expliquer ce qui se passe... Martin est ensuite escorté jusqu'à une camionnette, entourée par une horde de reporters. Il reconnaît alors un autre visage familier : celui d'Al Cawdrey, son beau-père. En un instant, celui-ci sort son revolver et lui tire dessus. Martin s'effondre et peu de temps avant de rendre le dernier souffle, il regarde la montre de l'agent Scully et remarque alors que les aiguilles s'arrêtent, puis qu'elles se mettent à tourner à l'envers...
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