Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Baltimore. Carl Wormus, un expert en eau, aborde une jolie brune dans un bar. La jeune femme lui propose de le suivre. Soudain, c'est l'accident : elle fonce sur un pont basculant et le véhicule tombe dans le fleuve Pottomac. Sous l'eau, l'homme réussit à détacher sa ceinture de sécurité mais une main l'empêche de remonter à la surface...