Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Monica Reyes dépose Doggett à son domicile. Sur le chemin du retour, elle est victime d'un accident de la route qui nécessite son hospitalisation. Lorsque le médecin approche une lampe de ses yeux, elle se réveille, mais dans une chambre totalement différente. Elle se trouve seule et l'établissement semble désert...