Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Surnommé le «tueur au tournevis», Bob Fassel, qui a passé treize ans derrière les barreaux pour avoir tué sept personnes, est innocenté par des tests génétiques. Doggett, qui avait contribué à son arrestation, quand il était policier à Brooklyn, est hors de lui...