Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une femme blonde est découverte morte dans les toilettes d'un casino... Monica Reyes demande à Scully si elle adhère à la doctrine selon laquelle l'univers se réduit à une simple équation, la «Théorie du Tout». Scully affiche son scepticisme avant de découvrir que Monica tente de résoudre certains meurtres en ayant recours à la numérologie...