Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Tommy Conlon, un jeune garçon, entend un mystérieux bruit sous son lit et croit voir un reflet dans le miroir de sa chambre. Son père, ne le croit pas et ferme la porte, laissant son fils hurler à l'aide... A Quantico, l'agent Harrison, du FBI, montre à Scully la photographie d'une femme qui s'est poignardée. Le fils de celle-ci n'est autre Tommy. Il affirme que c'est un monstre qui a tué sa mère...