Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Sur un luxueux bateau ancré dans les Caraïbes, Morris Fletcher courtise une jeune femme lorsque, soudain, le bruit d'un moteur se fait entendre. Trois Bahamiens montent à bord, enlèvent la fille, et arrosent le pont d'essence. Le yacht explose. Morris est sauvé par des gardes-côtes, qui exigent la présence de Doggett et de Reyes...