Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un couple de fermiers s'apprête à adopter un enfant prénommé William... Pendant ce temps, un inconnu, entré par effraction dans le bureau de Dogget, tente de dérober des documents. L'agent du FBI parvient à maîtriser le voleur. Ce dernier, surnommé le Respirateur, prétend alors être une victime de la conspiration des extraterrestres et connaître Mulder...
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