Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...