Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'agent Dogget surveille le domicile d'Erwin Lukesh, un meurtrier psychopathe. L'individu est soupçonné de trancher la langue de ses victimes. Reyes sert d'appât devant la boîte aux lettres de Lukesh, celle de l'appartement 4-D. Mais Lukesh, repérant la police, s'engouffre dans la cage d'escalier. Reyes le poursuit avant d'être égorgée. Dogget parvient à appréhender l'assassin quand celui-ci disparaît brutalement...