Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un adolescent meurt alors qu'il exécute une cascade pour une émission de télévision à sensation diffusée sur une chaîne locale. Mais le médecin légiste est incapable de déterminer la cause de la mort et fait donc appel à Doggett et Monica. Lors de l'examen du corps, ces derniers voient le cadavre s'agiter et des mouches sortir d'un des yeux de l'adolescent défunt !