Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully découvre que Mulder lui a transmis un message via internet. Il y exprime son désir de la revoir. Plus tard, Doggett et Reyes informent Scully que quelqu'un, en possession d'informations concernant le programme des «Super Soldats», a tenté d'entrer en contact avec Mulder, le seul qui serait, selon cette mystérieuse source, capable de découvrir la vérité...