Son esprit est un mystère, ses méthodes sont un miracle.
Atteint du syndrome d'Asperger ainsi que de celui du savant, le Dr Shaun Murphy rejoint un prestigieux hôpital. Livré à lui-même, il éprouve des difficultés à socialiser. Mais en mettant son incroyable don au service de ses patients, ce jeune prodige divise le personnel médical. Saura-t-il être à la hauteur de sa mission ?
Lorsqu'un chirurgien renommé arrive à Saint-Bonaventure pour y être traité, l'enthousiasme de l'équipe est rapidement éclipsé par son comportement condescendent et odieux. Après avoir étudié son cas, le Docteur Shaun Murphy entrevoit chez lui des similitudes avec son trouble du spectre de l'autisme, ce qui a le don de le rendre colérique lorsqu'il le lui fait savoir. En parallèle, Alex et Morgan vont traiter un patient douloureux du visage, au diagnostic méconnu et très difficile à traiter. Pendant ce temps, Shaun et Lea sont obligés de prendre une décision qui changera leur quotidien à jamais et modifiera le cours de leur relation. Plus tard, Alex fait une confession à Morgan, qui lui demande de quitter immédiatement son logement.