Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Parmi les rebondissements du dernier épisode de la troisième saison, L.J. et Whistler sont échangés, et les machinations de T-Bag finissent par porter leurs fruits.