Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Pendant son opération, Michael a des visions, et Westmoreland lui apparaît. Lincoln et Sucre s'efforcent de récupérer Scylla avant que Don et Gretchen ne la vendent.