Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Le gang entre par effraction dans la maison bien gardée d'un membre du Cartel, Stuart Tuxhorn. Quant à T-Bag, il est réduit aux pires extrémités pour survivre.