Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Michael et l'équipe ont un jour pour localiser le détenteur de carte suivant, faute de quoi, ils retourneront en prison. Quant à Mahone, il cherche à se venger de Wyatt.