Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Avec l'aide de Don, le gang doit forcer un coffre du département du Trésor pour accéder à la carte Scylla suivante. De son côté, Gretchen parvient à s'échapper.