Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
7 ans après la mort de Michael Scofield, Lincoln Burrows est retombé dans ses vieux travers, Sara Scofield a refait sa vie et T-Bag est libéré de Fox River pour bonne conduite. Ce dernier récupère un courrier anonyme contenant une photo de Michael, laissant supposer qu'il est en vie, et le nom d'une prison au Yemen : Ogygia. Lincoln demande l'aide de C-Note, devenu religieux, pour se rendre dans ce pays en guerre civile et retrouver son frère…