Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Daesh étant sur le point de prendre le contrôle de la prison d'Oygia, Michael et ses amis codétenus pactisent avec le diable pour s'évader en s'alliant avec le chef des terroristes, Abu Ramal. T-Bag apprend par Kellerman qu'un ex-agent infiltré de la CIA, agissant pour son propre compte, tirerait les ficelles de toute cette affaire…