Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Maintenant qu'il a retrouvé son frère, Lincoln exige des explications de Michael, qui lui confie avoir accepté de disparaître et de travailler pour Poséidon pour protéger sa famille. Sara découvre l'implication de son mari, Jacob Anton Ness, que T-Bag a pris en photo avec les deux tueurs…