Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Lincoln parvient à embarquer avec Michael pour la Crète où Sara les rejoint pour soigner ce dernier, blessé et empoisonné. Les deux frères rejoignent ensuite Sucre sur un autre navire pour traverser l'Atlantique. Lorsqu'il voit la photo de son mari, Michael confirme à Sara que Jacob Anton Ness est bien Poséidon…