Au plus fort de la guerre du Vietnam, le capitaine Benjamin Willard est envoyé dans une mission dangereuse qui, officiellement, "n'existe pas et n'existera jamais". Son objectif est de localiser - et d'éliminer - un mystérieux colonel béret vert nommé Walter Kurtz, qui dirige son armée personnelle dans des missions de guérilla illégales en territoire ennemi.