Il était une fois une pauvre bûcheronne et un pauvre bûcheron qui vivaient au fond d’une forêt polonaise. Pauvre bûcheronne se lamentait de ne pas avoir d'enfants. Il était une fois une famille juive, deux jumeaux nouveau-nés et leurs parents, qui se fit arrêter à Paris puis déporter vers le camp d'Auschwitz.Dans le train qui les emportait vers une mort certaine, le père fit un geste insensé. Dans un ultime et dérisoire espoir, il lança un de ses jumeaux hors du train. Un jour que pauvre bûcheronne regardait passer un train qu'elle croyait être de marchandises, un paquet en fut éjecté et tomba dans la neige. Comme un don du ciel, cette petite marchandise s'avéra être celle qu'elle attendait avec tant de ferveur. Une enfant.
Cette épopée musicale en stop-motion qui se déroule dans l'Italie de l'entre-deux-guerres marque les débuts de Guillermo del Toro en tant que parolier, avec la ballade "Ciao Papa".
En l'an de grâce 1482 à Paris, Quasimodo, jeune orphelin contrefait, est le sonneur de Notre-Dame. Il vit reclus dans le clocher sous la férule du puissant juge Frollo, son maître. Ses seules amies sont les gargouilles la Rocaille, la Muraille et la Volière. Quasimodo rêve de vivre libre au milieu de tous ceux qu'il observe depuis longtemps. Ce moment tant attendu se présente le jour de la fête des fous et, désobéissant à Frollo, il se mêle au peuple venu célébrer la nouvelle année.
Rox, un renardeau orphelin, est recueilli par une brave fermière, la veuve Tartine. Il se fait rapidement de nouveaux amis parmi les animaux vivants aux abords de la ferme, tels que la chouette Big Mama, le moineau Dinky et le pivert Piqueur. Il se lie également d'amitié avec Rouky, le plus jeune chien de chasse (un Saint-Hubert) du voisin, Amos Slade. Mais avec l'âge adulte, la Nature va reprendre ses droits.
Anna, orpheline timide et solitaire de douze ans, vit à Sapporo avec ses parents adoptifs. Ses fréquentes crises d'asthme poussent ces derniers à l'envoyer quelque temps chez des membres de leur famille, près de la mer. Pour Anna, c'est le début d'un été de promenades et d'aventures, qui commence par sa découverte d'une grande et vieille demeure inhabitée, située à l'extérieur du village. C'est là, dans ce que les anciens appellent La Maison des Marais, que la citadine fait la connaissance de Marnie, une adolescente qui lui semble étrangement familière, et avec laquelle elle se lie rapidement d'amitié.
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