Dans les profondeurs marines, Pop et ses amis sont comme des poissons dans l’eau, jusqu’au jour où de vilains pêcheurs volent des œufs sur le récif. Mais Pop est prêt à tout pour sauver ses petits frères… même à partir sur la terre ferme !
Doris, le poisson chirurgien bleu amnésique, retrouve ses amis Némo et Marlin. Tous trois se lancent à la recherche du passé de Doris. Pourra-t-elle retrouver ses souvenirs ? Qui sont ses parents ? Et où a-t-elle bien pu apprendre à parler la langue des baleines ?
Profitant de l'absence de leurs parents et de la baisse de vigilance de la Tante Anna chargée de les surveiller, Fly, sa petite soeur Stella et leur cousin Charles filent vers l'océan pour aller à la pêche. Mais la partie tourne court...