Lorsque Loki, de retour après un exil mystérieux, fait irruption sur Terre afin de prendre possession d'un cube offrant une énergie illimitée, Nick Fury, le directeur de S.H.I.E.L.D. n'a d'autre choix que de rassembler ses super-héros afin de combattre cette nouvelle menace qui s'abat sur la planète. Iron Man, Captain America, Thor, Hulk et Black Widow sont donc réunis dans une base secrète où ils tentent de percer les secrets de leur ennemi, qui est parvenu à enjôler Hawkeye et Erik Selvig. Mais les Avengers devront aussi apprendre à travailler ensemble malgré leurs différences s'ils veulent vaincre la puissante armée de Loki.
Orphelin en bas âge, Peter Parker est un étudiant de lycée avide avec une vie sociale des plus tranquille doublé d'une attirance pour la malchance. Alors qu'il assiste à une démonstration scientifique, une araignée modifiée génétiquement atterrit sur le corps de Peter et elle le mord. Miraculeusement, Peter hérite des capacités incroyables de l'araignée, le métamorphosant en homme-araignée. Peter constatera par la suite qu'il n'y a qu'une mince ligne entre un homme ordinaire et un héros extraordinaire, une ligne qu'il devra croiser. D'après le héros de bandes dessinées (1962-..).
Emballé par son expérience avec les Avengers, le jeune Peter Parker retourne chez lui où il vit avec sa tante May, sous l’œil vigilant de son nouveau mentor Tony Stark. Peter essaie de retourner à sa routine quotidienne – distrait par le désir de prouver qu’il est plus que l’araignée sympa du quartier. Mais avec l’arrivée du crapuleux Vautour, tout ce que Peter tient à cœur sera menacé.
Depuis que Thanos a fait disparaître en un seul claquement de doigts la moitié de toute forme de vie, l'univers est en déroute. Les survivants sont en colère, devant faire le deuil de leur existence passée. Le fautif s'est complètement volatilisé dans la nature, obligeant les Avengers à se lancer à ses trousses afin de lui ravir les pierres du Gant de l'infini. Iron Man est en mission dans l'espace, pendant que Captain America, Thor, Hulk et leurs camarades protègent la Terre. Lorsque Captain Marvel débarque pour leur prêter main-forte, le groupe reçoit un signal émanant d'une planète leur indiquant la présence de Thanos...
Spider-Man est démasqué et ne peut plus séparer sa vie normale des enjeux de sa vie de super-héros. Lorsqu’il demande l’aide de Docteur Strange, les enjeux deviennent encore plus dangereux, l’obligeant à découvrir ce que signifie vraiment être Spider-Man.
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d'aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...
En pleine Deuxième Guerre mondiale, Steve Rogers rêve de défendre son pays au front. Cependant, ses problèmes de santé et sa petite taille lui ferment les portes de l'armée. Il attire l'attention d'un scientifique qui a mis au point un traitement expérimental qui décuple ses capacités. Devenu un soldat d'élite à la force surhumaine, il devra déjouer les plans du nazi Johann Schmidt, ou Red Skull, qui prévoit dominer le monde grâce à une technologie héritée des dieux scandinaves. Mais si Captain America veut influencer l'issue de la guerre, il devra le faire contre les ordres de ses supérieurs, qui voient en lui un exercice de relation publique.
Cooper et Brenner sont amis depuis l'enfance. L'un est devenu Président des États-Unis et l'autre, un technicien. Quand le monde est attaqué par des personnages de jeux vidéo envoyés par des extraterrestres qui ont pris une vidéo dans laquelle les humains présentaient leurs divertissements comme une menace de guerre, Cooper se retourne vers Brenner afin que ce dernier aide l'armée à faire face à la menace. Comme il a un jour été un champion de jeux d'arcade, il doit enseigner aux militaires comment vaincre les différents personnages. Aidés par la Lieutenant Colonel Violet Van Patten, Brenner et ses amis joindront leurs forces afin de sauver la planète Terre.
Lors du Big Bang, six Pierres de l’Infini ont été relâchées dans l’univers. Ces gemmes précieuses permettent à celui qui les rassemble de devenir maître de l’univers. Le monstre Thanos, un despote intergalactique, aspire à user du privilège de ces joyaux pour détruire l’univers.
Dans le futur, Logan et le professeur Charles Xavier doivent faire face à la capitulation des X-Men quand une corporation, dirigée par Nathaniel Essex, détruit progressivement tout sur son passage. Les pouvoirs de guérison de Logan s'affaiblissent à vue d'oeil et la maladie d'Alzheimer force Xavier à oublier. Logan devra combattre Nathaniel Essex avec l'aide d'une jeune fille nommée Laura Kinney, un clone femelle de Wolverine.
Après avoir été piqué par une araignée, un jeune homme timide se transforme en superhéros. Déterminé à combattre le mal, il affronte un scientifique qui menace New York.
Iron Man, alias Tony Stark, est un jeune milliardaire souffrant de faiblesses cardiaques suite à une blessure de guerre. Il se confectionne une armure à la fine pointe de la technologie pour combattre le crime.