Un homme troublé fuyant les forces de l'ordre se remémore de mystérieux événements – et l'étrange vagabond – qui ont inspiré son étonnante transformation.
Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.