Sous le IIIe Reich, Zishe Breitbart est un forgeron juif polonais. Un jour, il est découvert par un agent berlinois qui décide de tirer partie de sa stature imposante. Hanussen, directeur du cabaret de Berlin et roi de l'hypnose, l'engage pour incarner des héros de la mythologie germanique. Mais, un soir, il refusera de jouer les Siegfried.
Octobre 1944, Auschwitz-Birkenau. Saul Ausländer est membre du Sonderkommando, ce groupe de prisonniers juifs isolé du reste du camp et forcé d’assister les nazis dans leur plan d’extermination. Il travaille dans l’un des crématoriums quand il découvre le cadavre d’un garçon dans les traits duquel il reconnaît son fils. Alors que le Sonderkommando prépare une révolte, il décide d’accomplir l’impossible : sauver le corps de l’enfant des flammes et lui offrir une véritable sépulture.
Le film se déroule durant l'hiver 1943, dans une France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, un membre du Conseil juif d'Amsterdam trouve un moyen d'épargner aux enfants la déportation vers les camps de la mort.
Au début de 1939, à St. Radegund, dans les montagnes autrichiennes, la majorité des villageois votent en faveur de l’Anschluss, soit l’annexion de leur pays à l’Allemagne nazie. Mais, parmi eux, Franz Jägerstätter refuse obstinément de prêter allégeance à Hitler et de participer au conflit armé qui s’annonce. En raison de son geste, l’homme et sa famille subissent l’opprobre des citoyens. En 1943, emprisonné comme objecteur de conscience, Franz est transféré à Berlin, en attente de son procès.