Le jeune Krabat travaille dans un moulin aux côtés de 11 apprentis. Mais un jour il se rend compte que d’étranges phénomènes arrivent et que les apprentis sont formés à la magie noire…
Dans une ferme isolée, un cadavre de vache meurt d'un virus l'ayant rendue folle. La maladie s'est transmise aux corbeaux qui étaient venus picorer le corps. Cette nuée d'oiseaux agressifs décide de s'en prendre aux habitants d'un village. Le shérif aidé du docteur local et de quelques citoyens décident de tout tenter pour stopper les assauts meurtriers venus du ciel...