En raison d'une brèche qui apparaît de façon totalement inattendue dans son système de sécurité, la CIA est forcée d'abandonner un projet secret et de sacrifier tous les agents qui y ont été associés. L'agent Aaron Cross, qui échappe à la purge par miracle, réussit à retrouver le Dr. Marta Shearing et de la convaincre de l'aider dans sa quête de survie, qui apparaît quasiment impossible. Marta Shearing, qui a longtemps été affectée au département scientifique du projet, n'a d'autre choix que d'accepter la proposition de l'agent Cross, puisqu'elle est elle-même devenue, par la force de choses, une cible prioritaire de l'agence gouvernementale.