À la fin de la seconde guerre mondiale, un petit groupe nazi s'échappe et part se cacher sur la face cachée de la Lune. Pendant 70 ans, ils construisent une énorme forteresse spatiale avec plein de soucoupes volantes. Mais l'alunissage d'astronautes américains près de la base nazi décide leur Führer à retourner sur Terre pour démarrer le IVème Reich...
Vingt ans après les événements de Iron Sky, l'ancienne base lunaire nazie est devenue le dernier refuge de l'humanité. La Terre a été ravagée par une guerre nucléaire. Cependant, enterrée profondément sous le désert, existe une puissance qui pourrait sauver ce qui reste de l'humanité... ou la détruire une fois pour toutes.
Utilisant sa machine à voyager dans le temps, Dr Terreur retourne en 1969, deux ans après qu'Austin eut été congelé, pour s'emparer de son mojo, le rendant ainsi vulnérable et impuissant! Il réclame également une rançon impossible aux États-Unis ou sinon il les anéantira grâce à sa base secrète positionnée sur la lune. Alarmé par ce qui lui arrive, Austin retourne voir ses supérieurs et apprend des projets diaboliques du Dr Terreur. Envoyé lui aussi en 1969 par une machine à voyager dans le temps, il fera la connaissance de Felicity Shagwell, une agente secrète, qui l'aidera à arrêter Dr Terreur et retrouver son mojo.
Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.
Les élèves de la classe 3-E (3-End) n'ont pas réussi à tuer leur professeur Koro-sensei durant les six premiers mois de l'année scolaire. Le festival de l'école doit leur donner de nouvelles occasions d'y parvenir. À la surprise générale, Kaede Kayano parvient presque à le tuer. Koro-sensei dévoile alors ses origines, sa relation avec la sœur de Kaede Kayano, et le rôle du docteur Kōtarō Yanagisawa.
En 1967, quatre agents de la CIA ont été envoyés à la NASA en tant qu'équipe voulant réaliser un documentaire. Ce qu'ils ont découvert a conduit à l'une des plus grandes conspirations de l'histoire américaine..
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d'aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...
En 4 années passées à protéger la Terre de toutes sortes d'invasions extraterrestres, l'agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men In Black, n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d'un crime étrange impliquant des extraterrestres, l'agence découvre l'existence d'un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l'apparence d'un top-model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n'a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.
Ils arrivent ! D'immondes Martiens, aux yeux globuleux et au crâne énorme, débarquent subitement sur la planète Terre. On ne connaît absolument rien de leurs intentions, mais le président des États-Unis et ses conseillers se réjouissent unanimement de cette apparition incongrue. Tout comme Art Land, un ambitieux promoteur de Las Vegas, qui voit là la possibilité d'un fructueux coup de publicité, et sa femme, une ancienne alcoolique, fervente adepte du New Age, qui prépare dans la plus pure tradition ésotérique l'union cosmique entre les peuples de toutes les galaxies. Tout un programme ! Mais les affreux jojos venus d'ailleurs sont-ils aussi cordiaux et désintéressés que tout ce petit monde veut bien le prétendre ?
Au hameau de Gourdifflots, en plein Bourbonnais, deux paysans retraités, «le Glaude» et «le Bombé», se tiennent volontairement à l'écart du monde extérieur, plus occupés à faire bombance et à honorer la dive bouteille qu'à se soucier de la marche du siècle. Un soir, après bien des excès alimentaires et un formidable concours de pets, ils voient avec étonnement une soucoupe volante se poser dans leur jardin. Le Glaude accueille comme un vieil ami le curieux et débonnaire extraterrestre et lui offre un peu de sa fameuse soupe aux choux, si délectable que «la Denrée», surnom de l'extraterrestre, va fidèlement revenir, conquis par le goût exquis du potage...
Dès sa sortie de prison, Jake Blues est emmené par son frère Elwood chez Soeur Mary Stigmata, qui dirige l'orphelinat dans lequel ils ont été élevés. Ils doivent réunir 5 000 dollars pour sauver l'établissement, sinon c'est l'expulsion.
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