Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
La tentative d'évasion est compromise lorsque Whistler est accusé de meurtre. Mahone se voit offrir un marché intéressant, et Lincoln et Sofia doivent droguer un gardien.
À Sona, un nouveau maton place Michael à l'isolement, avant de lui redonner espoir. Par la suite, Mahone et T-Bag se joignent aux détenus candidats à l'évasion.
Alors que Michael met le point final à son plan d'évasion, ses acolytes se retournent contre lui. De son côté, Whistler envisage la trahison quand Sofia est menacée.
Parmi les rebondissements du dernier épisode de la troisième saison, L.J. et Whistler sont échangés, et les machinations de T-Bag finissent par porter leurs fruits.
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