Situé à Hokkaido, au Japon dans les années 1880. Jubei Kamata (Ken Watanabe), qui est du côté du gouvernement de shogunat d'Edo, tue beaucoup de gens. Son nom est tristement célèbre à Kyoto. Quand la bataille de Goryoukaku est sur le point d'être terminé, Jubei disparaît. 10 ans plus tard, Jubei vit avec son enfant dans une paix relative. Il est à peine capable de vivre. Protégeant la tombe de sa femme morte, Jubei a décidé de ne jamais ramasser une épée à nouveau, mais en raison de la pauvreté, il n'a pas d'autre choix que de prendre à nouveau l'épée. Jubei devient un chasseur de primes.
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au coeur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Un perfide seigneur de guerre ayant tué leur maître et banni leur tribu, 47 samouraïs errants jurent de se venger et de restaurer l'honneur de leurs compatriotes. Arrachés à leurs foyers et perdus aux quatre coins des terres connues, cette poignée de rebelles se voit contrainte de recourir à l'aide de Kai - un demi sang qu'ils avaient jadis renié - lors de leur combat à travers un univers violent, peuplé de monstres mythologiques, de métamorphoses maléfiques et d'effroyables dangers. Cet exil sera l'occasion pour cet esclave rejeté de se révéler leur arme la plus redoutable, et de devenir la figure héroïque qui donnera à cette troupe d'insoumis l'énergie de marquer à jamais l’éternité.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Judas Ben-Hur, prince de Judée, retrouve son ami d'enfance Messala, venu prendre la tête de la garnison de Jérusalem. Mais leur amitié ne peut résister à leurs caractères différents. Alors qu'une pierre tombe du balcon de la maison familiale de Ben-Hur, manquant de tuer le gouverneur qui paradait plus bas, Messala trahit son ami qu'il sait innocent en l'envoyant aux galères et en jetant en prison sa mère et sa sœur. Ben-Hur jure alors de reconquérir sa liberté et prépare sa vengeance.
Au XVIème siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Avant d'être un protecteur, Kenshin faisait trembler sous le nom de Battosai, un assassin. Mais à la rencontre de la douce Tomoe Yukishiro, son destin change peu à peu.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...
En 1573, le Japon est le théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux. Le plus puissant de ces clans est commandé par Shingen Takeda. Au cours du siège du château de Noda, Takeda est blessé à mort par un tireur embusqué. Pour éviter que son clan perde de sa cohésion dans des luttes intestines, Shingen demande que sa mort reste cachée pendant trois ans. Un ancien voleur, épargné pour sa ressemblance avec le seigneur de la guerre, fait alors office de doublure avec la complicité des généraux, afin de duper leurs nombreux ennemis à l'affût.
Un groupe de samouraïs désœuvrés est recruté pour provoquer la chute d'un seigneur tyrannique et l'empêcher d'accéder au trône et de plonger le pays dans un avenir déchiré par la guerre.
Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.