Chanteuse pop très populaire, Mima décide d’abandonner la scène pour devenir actrice. Sans regrets, elle quitte son groupe et accepte un petit rôle dans une série TV, déclenchant ainsi la colère de ses fans… et plus particulièrement celle de l’un deux. Le mystérieux « traqueur » passe à l’acte en dévoilant en détail la vie de Mima sur Internet, puis en menaçant ses proches. Des incidents violents se produisent et elle réalise que son existence se confond dangereusement avec la série dans laquelle elle joue. Mima sombre dans la schizophrénie tandis que les cadavres s’accumulent autour d’elle…
Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu…
L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.
Terkel, un élève de sixième année, commence à avoir de la malchance après s'être assis sur une araignée noire. Son professeur meurt et est remplacé par l'étrange Justin. À la maison, l'oncle de Terkel, Stewart, est pris de crises de rage sporadiques. À l'école, Terkel est malmené par deux garçons après avoir appris que la grosse Doris l'aime bien. Lors d'un voyage scolaire en camping, Terkel commence à recevoir des menaces de mort et doit découvrir qui veut le tuer...