Quelques instants avant qu'il ne se présente sur scène pour son grand retour, un pianiste prodige qui souffre de la phobie de la scène découvre grâce à ses partitions qu'il est la cible d'un dangereux psychopathe.
Sur la côte adriatique, un petit bateau de pêche repère le corps inanimé d'un homme ballotté par les flots. Des marins s'empressent de le repêcher. Portant des traces de balles dans le dos, cet homme à l'identité inconnue a miraculeusement survécu, mais il ne se souvient plus de rien. Même pas de son nom. Et encore moins des raisons pour lesquelles on a tenté de le tuer.Toutefois, un indice subsiste : de sa hanche est extraite une petite capsule holographique indiquant un numéro de compte à Zurich. L'inconnu se rend alors dans une banque suisse afin de faire la lumière sur son identité. Une fois sur place, il découvre dans un coffre-fort une malette contenant plusieurs milliers de dollars, un pistolet, un passeport au nom de Jason Bourne et six autres documents d'identité de diverses nationalités. Ce dernier s'aperçoit bientôt qu'il est suivi à la trace par une mystérieuse organisation.
Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.
Catherine Stewart, une gynécologue, a des doutes sur la fidélité de son mari David Stewart. Elle décide d’embaucher Chloé Sweeney une escort-girl pour qu’elle séduise son mari afin de vérifier ses suspicions. Mais Catherine tombe dans son propre piège et succombe aux charmes de Chloé.
Dans une vieille maison de la campagne italienne, une infirmière découvre que l'enfant dont elle s'occupe est hanté par des forces malveillantes présentes dans les murs de la bâtisse. Alors qu'elle entretient une relation amoureuse avec le père du garçon, elle devient à son tour la proie des mauvais esprits.