Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au coeur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Au XVIème siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Un perfide seigneur de guerre ayant tué leur maître et banni leur tribu, 47 samouraïs errants jurent de se venger et de restaurer l'honneur de leurs compatriotes. Arrachés à leurs foyers et perdus aux quatre coins des terres connues, cette poignée de rebelles se voit contrainte de recourir à l'aide de Kai - un demi sang qu'ils avaient jadis renié - lors de leur combat à travers un univers violent, peuplé de monstres mythologiques, de métamorphoses maléfiques et d'effroyables dangers. Cet exil sera l'occasion pour cet esclave rejeté de se révéler leur arme la plus redoutable, et de devenir la figure héroïque qui donnera à cette troupe d'insoumis l'énergie de marquer à jamais l’éternité.
Avant d'être un protecteur, Kenshin faisait trembler sous le nom de Battosai, un assassin. Mais à la rencontre de la douce Tomoe Yukishiro, son destin change peu à peu.
À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...
En 1573, le Japon est le théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux. Le plus puissant de ces clans est commandé par Shingen Takeda. Au cours du siège du château de Noda, Takeda est blessé à mort par un tireur embusqué. Pour éviter que son clan perde de sa cohésion dans des luttes intestines, Shingen demande que sa mort reste cachée pendant trois ans. Un ancien voleur, épargné pour sa ressemblance avec le seigneur de la guerre, fait alors office de doublure avec la complicité des généraux, afin de duper leurs nombreux ennemis à l'affût.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Une collection de quatre contes populaires japonais aux thèmes surnaturels : Les Cheveux noirs, La Femme des neiges, Hoïchi sans oreilles, Dans un bol de thé.
La jeune sœur de Manji est tuée devant lui. Malgré son corps détruit, il venge sa petite sœur. Une femme mystérieuse apparaît devant lui. Elle lui donne la jeunesse éternelle et l'immortalité. Les parents de Rin Asano sont tués par le groupe d'épées "Itto ryu" et l'école d'escrime de ses parents est détruite. Pour se venger de la mort de ses parents, elle demande à Manji d'être son garde du corps. Rin et Manji commencent leur combat contre "Itto ryu".
Un groupe de samouraïs désœuvrés est recruté pour provoquer la chute d'un seigneur tyrannique et l'empêcher d'accéder au trône et de plonger le pays dans un avenir déchiré par la guerre.