Dans le Japon médiéval, Ichi est une jeune orpheline, aveugle de naissance, qui gagne sa vie en jouant de la musique de village en village. Mais derrière ses airs fragiles se cache un tempérament guerrier. La jeune fille possède notamment un talent exceptionnel dans l’art de manier le sabre, arme qu’elle dissimule dans son bâton de marche.
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Au XVIème siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Avant d'être un protecteur, Kenshin faisait trembler sous le nom de Battosai, un assassin. Mais à la rencontre de la douce Tomoe Yukishiro, son destin change peu à peu.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...
En 1573, le Japon est le théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux. Le plus puissant de ces clans est commandé par Shingen Takeda. Au cours du siège du château de Noda, Takeda est blessé à mort par un tireur embusqué. Pour éviter que son clan perde de sa cohésion dans des luttes intestines, Shingen demande que sa mort reste cachée pendant trois ans. Un ancien voleur, épargné pour sa ressemblance avec le seigneur de la guerre, fait alors office de doublure avec la complicité des généraux, afin de duper leurs nombreux ennemis à l'affût.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
La jeune sœur de Manji est tuée devant lui. Malgré son corps détruit, il venge sa petite sœur. Une femme mystérieuse apparaît devant lui. Elle lui donne la jeunesse éternelle et l'immortalité. Les parents de Rin Asano sont tués par le groupe d'épées "Itto ryu" et l'école d'escrime de ses parents est détruite. Pour se venger de la mort de ses parents, elle demande à Manji d'être son garde du corps. Rin et Manji commencent leur combat contre "Itto ryu".
Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…
Un groupe de samouraïs désœuvrés est recruté pour provoquer la chute d'un seigneur tyrannique et l'empêcher d'accéder au trône et de plonger le pays dans un avenir déchiré par la guerre.
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Dans le Japon féodal, au cours d'une guerre sanglante entre clans, deux paysans lâches et cupides, soldats d'une armée vaincue, tombent sur un homme mystérieux qui les guide vers une forteresse cachée dans les montagnes.