En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.
2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».
Dans un futur lointain où la Terre a été ravagée, la race humaine vit dans un monde cybernétique où seule leur conscience existe. Accompagnée de sa combinaison mécanique lui offrant une force accrue, Angela est une enquêtrice vivant dans le monde cybernétique qui va aller sur Terre et découvrir la seule règle qui régit sur cette planète, la survie !
À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l’humanité.
Né d'une mère humaine et d'un père vampire, D vit entre lumière et ténèbres dans un monde au bord de l'abîme. C'est le pire qu'il tente d'empêcher en se lançant sur la trace de Charlotte Elbourne, une jeune femme kidnappée par Meier Link, un puissant vampire que traque également le clan Markus. Mais, autant D que les Markus s'engagent au-delà de Meier Link, à affronter un adversaire nettement plus redoutable encore, la comtesse Carmilla qui, depuis son tombeau, attend que le sang d'une vierge la ramène à la vie.
En 2065, la plus grande confusion règne sur notre planète. Seuls les plus résistants des humains vivent encore dans un univers de désolation dominé par l'ennemi absolu : de mystérieux fantômes qui se nourrissent en extrayant l'énergie de toute forme de vie terrestre. Le futur de notre espèce repose sur le courage et la volonté de quelques-uns. Déjouant les complots, évitant les pièges, ils doivent reconquérir la Terre en usant de toutes les magies. Deux clans s'opposent sur la manière la plus efficace d'éliminer les spectres : les premiers, commandés par un général belliqueux, souhaitent utiliser une arme de destruction totale ; les autres, conduits par le docteur Aki Ross, s'engagent dans une voie difficile : la reconstitution d'un rythme spirituel qui devrait chasser les fantômes et protéger les êtres vivants. L'aventure est risquée, mais ils n'ont plus rien à perdre.
Mikako n'est encore qu'une adolescente mais elle a été sélectionnée par les forces terriennes pour faire partir des pilotes d'armures mobiles, et elle quitte la Terre au sein de la flotte spatiale. Ils partent affronter les Tersians, des entités extra terrestres, qui ont déjà attaqués les colonies sur Mars. Une bataille se profile aux frontière du système solaire. En rejoignant l'armée, Mikako a laissé derrière elle son ami Noburu, avec qui elle a partagé de nombreux moments heureux, pendant leurs études. Très attachés l'un à l'autre, ils conservent le contact en dialoguant par mails interposés via leurs mobiles. Cependant, au fur et à mesure que la flotte s'enfonce dans l'espace, à vitesse subluminique, les messages mettent de plus en plus de temps à transiter et bientôt, il faut compter plusieurs mois pour qu'un mail de Mikako atteigne la Terre.
En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?
Une banlieue d'Orange County, en Californie, en 2013. L'interminable et vain combat de l'Amérique contre la drogue se confond désormais avec sa guerre contre le terrorisme. Le policier Bob Arctor, spécialiste réticent des missions d'infiltration, est contraint de jouer les taupes auprès de ses amis Jim Barris, Ernie Luckman, Donna Hawthorne et Charles Freck. Lorsqu'il reçoit l'ordre de s'espionner lui-même, Arctor entame une inexorable descente dans l'absurde et la paranoïa, où loyautés et identités deviennent indéchiffrables.