L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.
Une banlieue d'Orange County, en Californie, en 2013. L'interminable et vain combat de l'Amérique contre la drogue se confond désormais avec sa guerre contre le terrorisme. Le policier Bob Arctor, spécialiste réticent des missions d'infiltration, est contraint de jouer les taupes auprès de ses amis Jim Barris, Ernie Luckman, Donna Hawthorne et Charles Freck. Lorsqu'il reçoit l'ordre de s'espionner lui-même, Arctor entame une inexorable descente dans l'absurde et la paranoïa, où loyautés et identités deviennent indéchiffrables.
2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.
Songoku meurt d'une maladie de cœur. Six mois ont passé et chacun gère sa tristesse. Surviennent alors les cyborgs du docteur Gero, C-17 et C-18. Face à cette nouvelle menace, tous s'unissent pour livrer bataille, malheureusement sans l'aide de Songoku... Beaucoup de nos héros périssent. Au bout de treize ans de lutte, les seuls guerriers survivants sont Songohan, jeune homme vigoureux, et Trunks, le fils de Végéta. Eux seuls sont encore capables de faire face aux cyborg.
Tetsuo, un adolescent ayant vécu une enfance difficile, est la victime d'expériences visant à développer les capacités psychiques qui dorment en chacun de nous. Ainsi doté d'une puissance que lui-même ne peut imaginer, Tetsuo décide de partir en guerre contre le monde qui l'a opprimé. Dès lors, Il se retrouve au cœur d'une légende populaire qui annonce le retour prochain d'Akira, un enfant aux pouvoirs extra-ordinaires censé délivrer Tokyo du chaos...
Depuis que la paix est revenue sur Terre grâce à Songoku et à ses amis, cent ans se sont écoulés. Aujourd'hui, tous nos héros sont morts sauf Pan, la fille de Videl et de Songohan, qui est maintenant l'arrière arrière arrière grand-mère d'un petit Songoku Junior ressemblant à si méprendre à son ancêtre, le célèbre Songoku. Mais Songoku Junior manque cruellement de confiance en lui malgré les efforts de Pan pour lui inculquer l'esprit combatif de son ancêtre. Les choses vont changer quand le petit Goku voit Pan agonisante à l'hôpital suite à une attaque cardiaque...
Batman n'a pas été vu depuis dix ans. Une nouvelle race de criminels ravage Gotham City, obligeant Bruce Wayne à 55 ans à remettre sa cape et son chapeau. Mais, a-t-il encore ce qu'il faut pour lutter contre ces criminelles d'une ère nouvelle ?
Motivé par le retour de Batman, le Joker s'évade et provoque des meurtres en série. Superman demande à Batman de cesser ses activités avant qu'il ne soit obligé de l'arrêter par la force.…
En 2065, la plus grande confusion règne sur notre planète. Seuls les plus résistants des humains vivent encore dans un univers de désolation dominé par l'ennemi absolu : de mystérieux fantômes qui se nourrissent en extrayant l'énergie de toute forme de vie terrestre. Le futur de notre espèce repose sur le courage et la volonté de quelques-uns. Déjouant les complots, évitant les pièges, ils doivent reconquérir la Terre en usant de toutes les magies. Deux clans s'opposent sur la manière la plus efficace d'éliminer les spectres : les premiers, commandés par un général belliqueux, souhaitent utiliser une arme de destruction totale ; les autres, conduits par le docteur Aki Ross, s'engagent dans une voie difficile : la reconstitution d'un rythme spirituel qui devrait chasser les fantômes et protéger les êtres vivants. L'aventure est risquée, mais ils n'ont plus rien à perdre.
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