Lors du Big Bang, six Pierres de l’Infini ont été relâchées dans l’univers. Ces gemmes précieuses permettent à celui qui les rassemble de devenir maître de l’univers. Le monstre Thanos, un despote intergalactique, aspire à user du privilège de ces joyaux pour détruire l’univers.
Dans le futur, Logan et le professeur Charles Xavier doivent faire face à la capitulation des X-Men quand une corporation, dirigée par Nathaniel Essex, détruit progressivement tout sur son passage. Les pouvoirs de guérison de Logan s'affaiblissent à vue d'oeil et la maladie d'Alzheimer force Xavier à oublier. Logan devra combattre Nathaniel Essex avec l'aide d'une jeune fille nommée Laura Kinney, un clone femelle de Wolverine.
Après avoir été piqué par une araignée, un jeune homme timide se transforme en superhéros. Déterminé à combattre le mal, il affronte un scientifique qui menace New York.
Les mondes entrent en collision dans "The Flash" lorsque Barry utilise ses pouvoirs pour voyager dans le temps afin de changer les événements du passé. Mais lorsque sa tentative de sauver sa famille modifie par inadvertance le futur, Barry se retrouve piégé dans une réalité où le Général Zod est revenu, avide de destruction, et il n'y a aucun super-héros vers qui se tourner. Enfin, à moins que Barry ne puisse faire sortir un Batman très différent de sa retraite et arrive à sauver un Kryptonien emprisonné… mais pas celui qu'il recherche. En fin de compte, pour sauver le monde dans lequel il se trouve et retourner dans le futur qu'il connaît, le seul espoir de Barry est de foncer. Mais faire le sacrifice ultime suffira-t-il à réinitialiser l'univers ?
En 1983, le mutant Apocalypse se réveille d'un sommeil de plus de cinq mille ans pour mettre un terme à l'espèce humaine, dans un monde dont les X-Men représentent la dernière chance.
Peter Parker a une vie très occupée partagée entre son combat contre les vilains et la personne qu’il aime, Gwen. Il attend donc son diplôme de fin de lycée avec impatience. Peter n’a pas oublié la promesse qu’il a faite au père de Gwen : la protéger en restant hors de son existence. Une promesse qu’il ne peut pas tenir. Les choses vont changer pour Peter quand un nouveau vilain fait son apparition, Electro, quand un vieil ami fait son retour, Harry Osborn, et quand Peter découvre de nouveaux indices sur son passé.
Depuis la mort de Superman, rien ne va plus. Des entités maléfiques dérangent les habitants. Elles sont alimentées par Steppenwolf, un monstre horrifique qui risque de tout anéantir s'il arrive à mettre la main sur trois boîtes spéciales dissimulées dans autant de royaumes. Batman fera tout pour l'arrêter et en compagnie de Wonder Woman, il tente de réunir une équipe-choc. Flash se joint à eux, convaincu que sa vitesse compensera pour son inexpérience. Aquaman est plus réticent, alors que Cyborg se laisse désirer. Même à cinq, ils ne seront peut-être pas assez puissants pour enrayer cette terrible menace.
Lorsque Loki, de retour après un exil mystérieux, fait irruption sur Terre afin de prendre possession d'un cube offrant une énergie illimitée, Nick Fury, le directeur de S.H.I.E.L.D. n'a d'autre choix que de rassembler ses super-héros afin de combattre cette nouvelle menace qui s'abat sur la planète. Iron Man, Captain America, Thor, Hulk et Black Widow sont donc réunis dans une base secrète où ils tentent de percer les secrets de leur ennemi, qui est parvenu à enjôler Hawkeye et Erik Selvig. Mais les Avengers devront aussi apprendre à travailler ensemble malgré leurs différences s'ils veulent vaincre la puissante armée de Loki.
Depuis que Thanos a fait disparaître en un seul claquement de doigts la moitié de toute forme de vie, l'univers est en déroute. Les survivants sont en colère, devant faire le deuil de leur existence passée. Le fautif s'est complètement volatilisé dans la nature, obligeant les Avengers à se lancer à ses trousses afin de lui ravir les pierres du Gant de l'infini. Iron Man est en mission dans l'espace, pendant que Captain America, Thor, Hulk et leurs camarades protègent la Terre. Lorsque Captain Marvel débarque pour leur prêter main-forte, le groupe reçoit un signal émanant d'une planète leur indiquant la présence de Thanos...
Wolverine retrouve dans le passé les jeunes professeur X et Magneto, afin qu'ils l'aident à empêcher Mystique de commettre un meurtre qui aura des conséquences néfastes sur les X-Men.
Iron Man, alias Tony Stark, est un jeune milliardaire souffrant de faiblesses cardiaques suite à une blessure de guerre. Il se confectionne une armure à la fine pointe de la technologie pour combattre le crime.