Enfin, le défi entre humains et mutants est sur le point de prendre une tournure décisive : ces derniers seront acceptés et intégrés à la communauté s'ils décident de subir la cure pour supprimer leurs pouvoirs. Le docteur Xavier et ses disciples, fidèles au concept de tolérance, se retrouvent une fois de plus à devoir lutter contre l'hostile Magnéto et son armée de mutants rebelles qui ont gagné un nouvel et terrible allié : le Phénix Noir, ou Jane Grey ressuscitée qui est passée de l'autre côté de la barricade...