À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : « Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? », Zain lui répond : « Pour m'avoir donné la vie ! ». Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Young-nam, autrefois diplômée prometteuse de l'académie de police, est mutée dans un petit village en raison de conduite déplacée. Durant sa première journée, elle rencontre Do-Hee, une fille timide et peu expressive, et plus tard aussi le beau-père de la fille, un homme alcoolique qui exploite des travailleurs immigrants. Alors que Yeong-nam essaie de s'y habituer, un incident dans lequel la grand-mère de Do-Hee décède en tombant dans les rochers se produit, ce qui agrave la situation de Do-Hee. Afin de protéger la jeune fille des abus de son beau-père, Yeong-nam lui permet de se réfugier chez elle.
À Barcelone, Uxbal, meurtri et obsédé par les fantômes de son passé auxquels il est confronté en raison de ses pouvoirs paranormaux, essaie de protéger ses enfants, Ana et Mateo, de l'influence néfaste de Maramba, son épouse alcoolique et dépressive. Mais, pour survivre, il exerce des activités criminelles qui le placent dans une situation précaire. Pour le compte de Hai, un gangster chinois, il organise un trafic de produits de contrefaçon, qu'il fait revendre dans la rue par des immigrés clandestins. Uxbal a aussi un don : il peut communiquer avec les morts. Il se sert de ce talent pour arrondir ses fins de mois. Mais sa vie bascule quand il apprend qu'il a un cancer de la prostate...
Aisha, une nounou sans papiers, s'occupe d'un enfant privilégié dans l'Upper East Side de New York. Alors qu'elle se prépare à l'arrivée du fils qu'elle a laissé derrière elle en Afrique de l'ouest, une présence surnaturelle envahit son quotidien, menaçant le rêve américain qu'elle a laborieusement construit.
Rong, une jeune Thaïlandaise, est tombée amoureuse de Min, un immigré clandestin birman. Elle paie Orn, une vieille femme, pour prendre soin de Min, pendant qu'elle cherche un endroit où ils pourront vivre leur bonheur.
Un après-midi, Min emmène Roong pique-niquer dans la jungle, où ils se sentent libres d'exprimer leur amour. Orn, de son côté, est également allée dans la jungle avec Tommy, l'homme qui travaille avec son mari. Une overdose de bonheur risquerait-elle d'avoir des effets secondaires ?
Caye et Zulema, prostituées dans les quartiers chauds de Madrid, ne se connaissent pas. La première se révolte contre son sort. Elle range dans une petite boîte en fer des billets de banque qu'elle économise patiemment. La seconde, immigrée dominicaine sans papiers, se sent perdue dans ce pays étranger et fait profil bas pour pouvoir nourrir son fils. Un jour, agressée par un client violent, Zulema est courageusement secourue par Caye. Les deux femmes se lient d'amitié et décident de prendre leur vie en main. Car Zulema, qui manque de confiance en elle et souffre de la solitude, espère aussi changer son destin. Autrefois, Zulema a été heureuse, peut-être le sera-t-elle à nouveau...
Une petite ville américaine à la frontière du Canada. Ray peut enfin offrir à sa famille la maison de ses rêves et bientôt quitter leur préfabriqué. Mais quand son mari, joueur invétéré, disparaît avec leurs économies, elle se retrouve seule avec ses deux fils, sans plus aucune ressource. Alors qu'elle essaie de retrouver la trace de son mari, elle rencontre Lila, jeune mère célibataire d'origine Mohawk, qui lui propose un moyen de gagner rapidement de l'argent: faire passer illégalement aux États-Unis des immigrés clandestins, à travers la rivière gelée de Saint Lawrence, située dans la Réserve indienne. Ayant cruellement besoin d'argent à la veille des fêtes de Noël, Ray accepte de faire équipe avec Lila. Pourtant, les risques sont élevés, car la police surveille les allers et venues, et la glace peut céder à tout instant...
Toru est gérant dans un love hotel de Kabukicho, quartier des plaisirs à Tokyo. Il ment à son entourage, prétendant travailler dans un palace. Le temps d’une journée, l’hôtel devient le théâtre des rêves et des désirs de cinq couples qui s’y croisent, à la recherche d’une vie meilleure. Un portrait doux-amer du Japon moderne.
Alors qu'elle est sur le point de rembourser ses dettes et retrouver sa liberté, une prostituée nigériane travaillant en Autriche est tentée par une voie plus rapide.
Corrado Rinaldi, un haut-fonctionnaire du Ministère de l’Intérieur italien, se spécialise dans les missions internationales contre l’immigration illégale et s’apprête à repartir en Libye. À Tripoli, il est attendu par son collègue Luigi Colazzi et un délégué français nommé Gérard, avec lesquels il doit visiter un centre d’accueil pour demandeurs d’asile. Les conditions dans lesquelles sont recueillis les refugiés et la découverte d’un cadavre tenu caché confirment ce que les fonctionnaires soupçonnaient déjà : les gérants de ces refuges ont manifestement des accords secrets avec des trafiquants à qui ils fournissent des migrants. Corrado en essayant d’agir va se heurter aux logiques de pouvoir tribales, puis une fois rentré en Italie, à celle de la politique locale. Il va surtout devoir faire face à sa propre conscience tandis qu’il essaie d’aider une jeune Somalienne, Swada, qu’il a rencontrée dans le centre libyen.
Tel un Candide rêvant de l'Eldorado, Jallel immigre en France avec l'espoir de tenter sa chance. De rencontres en rencontres, de foyers en associations, Jallel chemine dans le Paris des exclus et, faute de satisfaire ses espoirs de fortune, découvre et partage la solidarité des déshérités.