La relation étrange entre le célèbre psychiatre Hannibal Lecter et l'un de ses patients, un jeune profiler du FBI nommé Will Graham, torturé par sa fascination dévorante pour les serial killers...
Will est en garde à vue, soupçonné d'avoir assassiné Abigail. Un peu perdu, il se retrouve isolé. Plusieurs corps recouverts de résine et abandonnés dans une rivière viennent d'être trouvés. A la suite de cette macabre découverte, l'agent Jack Crawford, déjà sous pression et submergé de travail, se rend chez Hannibal Lecter pour lui demander son aide. Le tueur en série devient son consultant.
Quand le FBI découvre un corps immergé, il semble évident que le défunt est une nouvelle victime du tueur en série qui sévit depuis plusieurs semaines. Tout en aidant la police, le docteur Lecter tire certaines conclusions de l'état du corps qu'il se garde bien de partager avec Jack et ses hommes. De son côté, Will a établi un plan qui devrait lui permettre de quitter rapidement l'hôpital psychiatrique. Jack n'arrive pas à apaiser son sentiment de culpabilité vis à vis de son jeune collègue. Il accepte l'injonction de soins psychiatriques.
Le procès de Will bat son plein. Le procureur cherche à prouver que l'accusé ne souffre d'aucun trouble mental et qu'il n'est autre qu'un redoutable psychopathe. Jack Crawford témoigne en faveur de Will, s'attirant les foudres de l'inspectrice Alana Bloom. Les déclarations de Chilton renforcent quant à elles l'accusation. La confusion règne. La plus grande agitation gagne la salle d'audience lorsque Will reçoit une enveloppe contenant une oreille humaine. L'allusion au corps d'Abgail Hobbs est claire. Le soir même, le FBI retrouve le corps de l'un des huissiers du tribunal, mutilé, brûlé et empalé sur une tête de cerf. Cette découverte macabre pourrait bien innocenter Will...
Will accepte de commencer une thérapie plus intense avec le Dr Chilton à la condition qu'il tienne à l'écart Hannibal, laissant ainsi le temps à Katz de chercher les preuves impliquant le psychologue, occupé à aider Bella Crawford dans sa fin de vie. Une nouvelle affaire requiert l'attention de l'équipe de Crawford : un corps est retrouvé transformé en ruche.
Un de membres de l'équipe de Jack est tué et son corps découvert dans une mise en scène macabre. Will se porte volontaire pour dresser le profil psychologique de l'assassin. Pour lui, il ne fait aucun doute que l'auteur de ce nouveau crime est l'éventreur de Chesapeake. Il est également persuadé que celui-ci et l'Imitateur ne sont qu'une seule et même personne : Hannibal Lecter. Will interroge le docteur Gideon, avec l'espoir qu'il lui confirmera la justesse de son hypothèse...
Après que Will ait tenté de faire tuer Hannibal, Alana Bloom a décidé de tirer un trait sur lui. Elle se réfugie dans les bras de Hannibal qui a été aussi gravement blessé par les actions de Will. Abel reconnaît avoir trouvé le Chesapeake Ripper alors qu'il est dans la cellule à côté de celle de Will. Chilton a enregistré toute la conversation et informe Jack Crawford de ce qu'il a dit. Il lui révèle qu'il a toujours eu des soupçons et qu'il n'a jamais mangé de viande chez ce dernier. Will est persuadé que Hannibal prépare un nouveau festin et qu'il va y avoir d'autres victimes. Ce qui est sûr c'est qu'alors que Will est en prison, le Chesapeake Ripper recommence à tuer.
Après avoir retrouvé Miriam dans la grange avec les indications de ses experts, Crawford doit accepter qu'Hannibal est sûrement le Chesapeake Ripper mais il n'a aucune preuve.
Cette dernière ne se rappelle de rien et des expérimentations similaires à ce que fait Chilton à ses patients ont été faites sur elle. Quant à Will, avec le nouveaux meurtres, le parquet est dans l'obligation de le relâcher n'ayant pas assez de preuves. Will suggère à Chilton de parler à Crawford de ses méthodes peu orthodoxes pour qu'il ne soit pas la prochaine victime d'Hannibal. Il pense que Gideon est mort et le dit à Chilton.
Jack et Will s'entendent pour attraper Hannibal et pour cela il faut que ce dernier ne se sente pas en danger. Will a repris sa thérapie avec Hannibal et promet de lui dire toujours la vérité. Hannibal lui pose des questions pour se rassurer concernant la possibilité qu'il tente de le tuer à nouveau. Alana et Hannibal continue leur relation. Le FBI enquête sur le meurtre d'une femme dont le corps a été mis dans le ventre d'une jument qui s'est éteinte après la mort de son poulain.
Will continue sa thérapie auprès de Hannibal qui suit aussi Margot. Will et Margot se croisent lorsqu'elle sort. Les deux se reconnaissent plus ou moins. Le FBI enquête sur le meurtre d'un chauffeur de camion qui semble avoir été commis par un animal mais un animal qui n'aurait rien mangé de sa proie. Will rend visite à pour lui demander quel animal, d'un ours ou d'un loup, est responsable.
Après avoir tué en légitime défense, Will l'apporte à Hannibal. Ce dernier lui suggère de lui donner la mort qu'il mérite. Will le monte sur des ossements de dinosaures dans le musée dans lequel il travaillait. Hannibal continue la thérapie de Margot en la poussant peu à peu vers le meurtre de son frère.
Margot Verger annonce à Hannibal qu'elle est enceinte de Will ; ce dernier s'interroge sur le rôle qu'il souhaite avoir pour l'enfant. Mason craint plus pour son héritage, qui pourrait lui échapper si sa sœur a un héritier et pas lui. Le contexte pousse Will et Hannibal à reparler d'Abigail et de sa place dans leur relation. Pendant ce temps, le corps de Freddie Lounds est retrouvé, et le Dr Bloom suspecte vite Will de l'avoir tué.
Le piège qu'essaient de tendre Crawford et Graham autour de Hannibal devient de plus en plus risqué, et le Dr du Maurier tente de les en convaincre. Graham va alors précipiter les choses, en poussant Hannibal à tuer au plus vite Mason Verger.
Conscient d'être sur le point de se faire arrêter, Hannibal prépare sa fuite. Le double jeu de Will commence à lui peser et il hésite entre fuir avec Hannibal ou faire son devoir et obéir à Jack, car tous ignorent qui parviendra à survivre à la confrontation finale.
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